偶蹄目动物对口蹄疫病毒均有一定程度的易感性。偶蹄目之外，其它一些动物也可感染口蹄疫，但流行病学意义尚不明确。
1、家畜
口蹄疫的家畜宿主包括牛、猪、绵羊、山羊、牦牛、水牛，试验性感染成功的家畜宿主有羊驼和驼马。双峰驼可发生口蹄疫，单峰驼对口蹄疫病毒不敏感或敏感性很差。家畜中：绵羊是口蹄疫的贮存器——绵羊症状温和，容易因忽视而传播。猪是口蹄疫的放大器——口蹄疫猪每天的病毒排出量可达4亿个感染单位，是牛、绵羊和山羊的3000倍以上，有利于形成空气传播。牛是口蹄疫的指示器——牛对口蹄疫病毒非常敏感，口蹄疫症状最为明显。
2、野生动物
已知口蹄疫病毒可感染的野生动物宿主种类大于70个，主要是偶蹄动物，包括美洲野牛、水牛、长颈鹿、多鹿科动物（驯鹿、鹿和麋鹿）、多种羚羊、小羚羊、牛羚、印度羚羊、疣猪、捻角羚、黑斑羚、瞪羚。
3、其它动物
少数非偶蹄目动物种也可感染口蹄疫病毒，例如刺猬（包括广泛分布于欧亚大陆的普通刺猬）、熊、犰狳（中美和南美）、袋鼠、海狸鼠、水豚。亚洲象有几例病例报道，但极少有非洲象感染的报道，一般认为非洲象在自然条件下不易感。试验室动物模型包括豚鼠、大鼠和小鼠，但在田间情况下，一般认为这些动物在口蹄疫的传播中不重要。早期报道表明，牛和普通刺猬之间可发生口蹄疫传播，但过去的50年没有确凿证据表明普通刺猬能够使口蹄疫蔓延。
4、维持宿主
维持宿主是指对特定的生态系统中，对特定的病原体来说，可作为病原体的持续性传染源的动物群。
在大多数地区，牛是口蹄疫的重要维持宿主；少量病毒对猪发生宿主适应，使病毒获得在猪群中获得循环和扩散的能力；还有一些病毒可能在水牛之间循环，在非洲，非洲水牛是口蹄疫病毒重要的维持宿主，这些病毒的主要血清型是SAT，但在这些水牛体内也发现了其它血清型抗体。牛不存在的情况下，不能确定小型反刍动物是否可以长时间维持口蹄疫病毒，作为循环和扩散的贮源。其它野生动物似乎不能维持口蹄疫病毒，只能被家畜或水牛散播的病毒感染。
5、口蹄疫病毒的携带者
病毒携带者通常指病原体感染后体内携带病毒核酸或活病毒超过28天的动物。无论感染后是否出现临床症状，动物均可成为携带者。
大多数物种，口蹄疫病毒只能在携带者的食道-咽部液体内找到，其它分泌物和排泄物中找不到，例如口腔和鼻腔拭子；但最近，人们在实验感染的水牛携带者的鼻液内分离到了病毒。非复制性的病毒可以在反刍动物感染38天后的淋巴结内找到。口蹄疫携带者的流行病学意义，尚未确定，存在争议。尽管有携带者引发明显传染的传说，且携带者的食道-咽部液体直接注射给动物后具有感染性，但在所有对照试验中，家畜通过密切接触携带者，均未发生感染；唯一成功的试验是非洲水牛SAT携带者，可以将病毒传播给其它水牛，偶尔可传播给牛。研究者推测，这种情况下，可能是性传播致病，因为精液中可分离到口蹄疫病毒，并且，所有成功的接触感染试验都同时用到了公牛和母牛。
不同的口蹄疫携带者携带病毒的时间如下：
大多数牛携带口蹄疫病毒不超过6个月，但受疫苗或先前感染的影响，一些个体携带病毒时间长达3.5年。
病毒或病毒核酸能够在绵羊体内存在长达12个月，不过，大多数情况下绵羊只能携带病毒1～5个月。
山羊4个月。
水牛1年。
牦牛8个月。
非洲水牛个体的携带者状态可持续至少5年，病毒可在一个野牛群中循环存在至少24年。
骆驼科动物似乎不是携带者。
一般认为，猪不是携带者，到有少数报道证明病毒核酸可在猪身上存在大于28天。这可能是假象，原因是病毒遗传物质在动物体内降解速度慢。
试验性的持续感染可在一些野生动物中产生，包括黇鹿、梅花鹿、捻角羚、马鹿。一些鹿可携带口蹄疫病毒长达2.5年。
早期研究中，褐鼠试验性感染可携带病毒超过4个月。
