近年来，我国畜禽养殖废弃物处理和资源化利用工作取得了一些成效，但全面实现畜禽粪污能源化、肥料化利用还面临不少实际困难。“‘四难’是畜禽养殖废弃物处理和资源化利用的拦路虎。”。
畜禽粪肥还田难
“四难”第一难是种养结合不紧密，畜禽粪肥还田难。农业生产重化肥、轻有机肥问题突出，耕地基础地力下降。韩长赋介绍说，一种情况是种养主体分离，无处“还”。随着规模养殖加快发展，养殖与种植分离成两个主体，养猪的不种地，种地的不养猪，客观上隔绝了粪便还田的通道。另一种情况是，标准体系不完善，不会“还”。粪肥、沼肥等检测标准和生产技术规范不完善，畜禽养殖废弃物处理和还田利用技术需要进一步规范和推广普及。
市场利用难
第二难是能源产品缺乏竞争力，市场利用难。终端产品销路不畅、竞争力不强是影响畜禽粪污能源化利用最主要的制约因素。韩长赋举例说，在沼气工程商业化运行方面，沼气工程主要分布在广大农村，铺设沼气管网投资大，安全风险高，养殖企业不愿发展。因此，大部分中小型沼气工程的气、电产品仍以养殖场自用和周边农户使用为主。
引导调控难
第三难是支持政策不足，引导调控难。与一些发达国家相比，我国尚未形成以绿色发展为导向的农业补贴政策，生物天然气、有机肥等产品生产和使用缺乏扶持措施。例如沼气发电，虽然有生物质能源发电标杆电价补贴，但部分地区政策落实不到位。与此同时，粪污能源化利用产生的气、电成本较高，与天然气、大电网相比缺乏竞争力。
推广难
此外，科技支撑不到位，推广难也是“四难”之一。与沼气技术先进的国家相比，我国规模化沼气工程池容产气率和自动化水平有待提高，新技术、新材料的标准和规范亟须建立。沼气服务体系尽管已基本实现了全覆盖，但未建立有效的服务机制和运营模式，服务人员不稳定、技术水平偏低等问题致使现有沼气服务体系难以维系。
