一、贮存和运输
鲜料具有成本低，活性物质保留高，但不宜贮存和运输。鲜料对成品的保质期影响也较大。烘干通常代谢产物损失大，成本增加较大，但便于运输和贮存，更符合饲料厂的需求。
二、饲料企业设备改造很难，产品流通环节复杂
大型饲料企业最初未设置发酵饲料环节，厂区的空间有限，缺乏相应的技术队伍。大多数企业都处于观望期，不想或不敢于改革。客户分布区域分散度高，类型多样，不易整体操作。原有饲料加工方式（颗粒）限制发酵产品的应用。缺乏对发酵饲料的深刻认识。
三、养殖环节生产模式限制发酵饲料的发展
养殖场的现有饲养设备设施、饲喂方式和配料习惯等限制着发酵饲料的使用，这部分是限制发酵饲料发展的关键。缺乏对发酵饲料的科学评判手段，多数客户靠的是感觉。一些发酵饲料的企业不规范宣传，只解决适口性的问题，而解决不了料重比问题，造成不良影响。
四、缺乏行业的推动作用
企业自律，不应简单以利润为导向，应以价值为核心。急需制定行业规范，对发酵饲料予以明确的定义，明确卫生指标和营养指标，规范相应的检测方法。
