微生态制剂与其他物质的联合使用，总的来说可以分为两个方面。
一是与某些生物饲料的联合应用，如酶制剂、中草药提取物、酸化剂、酵母培养物、短肽等。在此方面，联合应用的功效毋庸置疑，大量的研究表明，微生态制剂与上述物质联合应用作用效果更佳。
目前，存在争议的主要是第二方面，即微生态制剂与抗生素的联合应用。众所周知，抗生素具有杀灭细菌的作用，那么，微生态制剂作为活菌制剂，如果与抗生素联合应用，会不会也被杀灭呢？
目前，在疾病治疗方面，我们似乎还必须依赖抗生素，但广谱抗生素必然对微生态活菌制剂产生影响，这似乎制约了微生态制剂的应用。从微生态制剂在人的临床医学研究来看，抗生素与活菌制剂合用对某些感染的治疗效果优于单独使用抗生素的治疗效果。
在这种情况下，一般宜先用抗生素治疗原发感染，再以微生态活菌制剂调整微生态，即先治后调，这是合理的选择；还有一种方法是将抗生素与微生态制剂分开使用，中间间隔若干小时，以避开抗生素药物的浓度高峰；而在抗生素抗菌谱不覆盖微生态活菌制剂的情况下，两者可以同时使用。
在促生长及预防疾病方面，则完全可以考虑使用其他物质进行替代，微生态制剂即是目前公认的具有较好效果的绿色安全添加剂，以此可以缓解抗生素滥用带来的健康及生态环境问题。
