菌种活性
众所周知，活性是益生菌产生功效的基础，其作为有生命的微生物，无论是生产、保存还是使用环节，都需要经过严峻的考验。如何保证食入的益生菌在动物体内保持良好的活性而发挥其真正的生理功能，近年来成为了微生态制剂的研究热点之一。
目前，研究较多的是菌种包被技术，如果包被技术过关，可以达到耐胃酸耐胆盐的作用，使大量存活的益生菌顺利到达动物的肠道，进而发挥其生理作用。但关于包被技术，还需要进一步的研究。
有网站论坛做调研，众家的观点也不尽一致，但都归为共同的愿望：能保证微生态制剂的缓释功效，使其能顺利到达肠道。就目前的包被技术而言，无论从成本还是效果上，都没有达到十分满意。因此，寻找高效、廉价、无毒副作用的包被材料，优化包被工艺将是微生态制剂研发的方向之一。
作用机理不明确
关于微生态制剂的作用机理，目前比较主流的说法有4种：①优势菌群说；②微生物夺氧说；③膜菌群屏障说；④“三流运转”理论。但无论是哪一种说法，都是大的方向，具体的作用方式与机制仍无法确定。
而这一点并不影响微生态制剂在动物生产中的广泛应用，养殖人员关心更多的是其是否能达到预期的效果。至于机理，似乎更应该是科研院所或者国家课题去研究和探索的问题。
