肉骨粉的营养成分十分丰富，是一种重要的动物源性蛋白，其原料是一种从动物组织中剔除了脂肪、油脂或其他成份之后留下的全部或部分剩余物。这些原料的来源、组成、比例以及加工方法的不同，都会影响到肉骨粉的营养成分，导致产品质量差异较大。
肉骨粉的营养成分变异大的问题是普遍存在的，不同地方、不同厂家甚至同一厂家不同批次的肉骨粉在营养成分上都存在很大的差异。虽然其富含蛋白质和钙磷，但与鱼粉相比消化率低，适口性差，氨基酸组成不平衡；其次，肉骨粉原料的粗脂肪含量为8%-18%，贮存不当时，脂肪极易被氧化酸败。有研究表明，不添加防腐剂的肉骨粉中所含的脂质易氧化变质，研究还发现脂肪被氧化酸败后不仅会破坏肉骨粉中脂类及脂溶性维生素的营养价值同时还会产生不适应的气味影响饲料适口性；脂类酸败后会产生有毒物质，对畜禽的健康造成不良影响，此外，酸败产物会与蛋白质反应，降低蛋白质利用率。
虽然肉骨粉原料是一类优质的蛋白质饲料资源，但除了上述问题外，还存在一定的安全隐患，有研究发现肉骨粉产品易受到微生物不同程度的污染，如霉菌、大肠杆菌、沙门氏菌杆菌。
