为了加强畜禽养殖场(小区)、户的管理，规范畜禽养殖行为，把好养殖产品质量安全关，湖北省各级畜牧兽医部门对畜禽规模养殖场(小区)、户和种畜、奶牛养殖场(小区)、户建立养殖档案。
湖北畜牧局和十堰市、荆州市等6个市州，以及丹江口等9个县市区设立了畜产品安全监督机构；天门市、宜昌市夷陵区等40个市县明确了畜产品质量安全监管部门。部、省、市、县四级检测机构相继建立，部分市州已开展检测工作，变被动监管为主动检测，使监管手段不断完善。既有专项整治又有例行检查，既有拉网式抽查又有快速检测。从2010年～2011年全省就快速抽检猪尿、猪肝25万批次以上，合格率在98%以上；农业部多次对武汉、宜昌、黄冈等地进行的例行监测和拉网式突击检测，湖北抽检合格率都达到100%。
从2003年开展认证工作以来，湖北省累计认证无公害畜产品739个，认定无公害畜产品产地793个，绿色食品134个，全省“三品”认证产品占畜产品总量30%以上。2010年，郧西马头山羊获国家农产品地理标志认证，京山华源王浆和蜂蜜、神农架康俊蜂蜜获有机食品认证。2011年，全省通过无公害产地认证131个、产品认证137个。截至目前，湖北省畜牧产业共有麻城黑山羊、马头山羊、当阳双莲鸡等6个地理标志、华源王浆(蜂蜜)等5个有机畜禽产品、千秀谷土鸡等5个绿色食品、明祥生猪等616个无公害畜产品，约占认证农产品总量的30%。
