猪流感的潜伏期短，仅数小时至数天，一般自然感染病例的潜伏期为 2~7天。在第 1 头病猪出现后，几乎所有易感猪在一夜之间开始咳嗽，鼻和眼流出粘性分泌物，鼻分泌物有时带血，病猪呼吸困难、呈腹式呼吸，体温迅速升高至 40~42℃，精神沉郁，食欲减退甚至废绝，猪群呈明显病态，常卧地不起，有时跛行，发病率可达 100%。病程短，无并发感染的病例病程为 2~6 天，临床恢复和发病一样迅速。但是，由于免疫应答，临床症状消退后，病毒可继续在猪群中传播，一些猪会变成慢性感染，导致其生长缓慢。且据临床观察仔猪的死亡率较高，怀孕后期母猪也可能出现流产。若继发或混合感染其他细菌或病毒，病程将延长，病情加重，死亡率高达 10% 以上。
SI 的发生与应激因素有重要关系。天气骤变，猪舍潮湿、拥挤，空气污浊，营养不良，露宿雨淋，凉风侵袭等是诱发 SI 的主要因素。本病一年四季均可发生，多发生于早春、晚秋、寒潮侵袭等天气骤变季节。各种年龄的猪均可感染。该病多呈暴发，发病急、流行快，如不发生并发或继发感染，一般发病3~5 天后即可自行康复，极少出现死亡。多数死亡是由于发生巴氏杆菌、支原体、链球菌等继发感染引起的。生产中，常发生不同亚型的协同流行，使疫情加重，同时极易协同发生猪蓝耳病、猪呼吸道冠状病毒、猪传染性胸膜肺炎及猪肺炎支原体等感染，使病情复杂而反复，严重影响猪群健康状态和生产性能。SIV 存在于病猪或带毒的鼻汁或气管、支气管渗出液、肺及其淋巴结内，发病前后鼻腔分泌物中含病毒最多，传染性最强。在血液、脾、肝、肾、肠系膜淋巴结和脑中难以检出 SIV。病猪、老鼠、蚊蝇、飞沫、空气等都可传播该病。
