就目前而言， 我国的畜牧养殖业正处于逐渐规范期，入行门槛相对较低，技术水平参差不齐，养殖布局比较混乱，畜禽产品流通环节、消毒控制尚有一定疏漏。 在这种状况下， 老病不去新病又来， 疾病种类逐渐增多，感染源密布，防不胜防，疫病此起彼伏。受多元病原干扰和动物健康欠佳的影响，疫苗预期免疫效果很难达到。
疫苗的研制、生产、应用其目的是用来让机体产生特异性抗体对抗某种疾病危害。 可疫苗本身也存在诸多问题影响着动物健康和免疫效果。例如，细胞苗在生产过程中如果没有达到高度纯化， 疫苗内存就可能存在大量异源蛋白（细胞碎片），而这种异源蛋白对动物机体来说就是异物，极易造成机体过敏等应激反应。
当然更加糟糕的是如果存在其他热源性物质即非需要特定微生物时，疫苗接种即有过敏、发热现象发生； 灭活疫苗更是存在佐剂和灭活工艺问题，大量低质佐剂与灭活用的高浓度甲醛不仅直接影响疫苗质量，更要命的是这些低质佐剂在注射时常堵塞注射针头并和残留甲醛同时对机体造成极大激刺，且不能被机体吸收，易在注射部位形成干酪、坏死；另外在疫苗生产上管理不够细致、完善，或没有足够先进的技术手段，在生产一种疫苗的同时被另一种病毒污染，如猪瘟疫苗常被牛黏膜病毒污染， 鸡痘疫苗常被网状内皮增生病毒污染等， 这样疫苗防疫的同时人工接种了另外一种病毒，可能给接种动物的健康带来感染疫病的风险。
疫苗的研制生产往往落后于病毒的变异，当病毒发生变异后，如还继续用原来的疫苗免疫势必不能取得预期的防控效果；另外疫苗抗原滴度的高低也影响着动物预防接种的免疫效果， 目前有些疫苗其单位疫苗抗原量不能达到足够高的含量， 不能达到预期的抗体滴度， 不能达到有效的免疫保护。一些冻干细胞活疫苗对其运输、保存条件要求均非常苛刻， 常常难以达到要求， 致使疫苗在使用前已经失效或效价降低；疫苗的使用需要严格规范的操作方法，否则同样难以达到预期的免疫效果。
