与之相对的，大多数的天然饲料添加剂不减少肠道微生物的总体数量，而是通过减少有害微生物在肠道的生长的同时促进有益微生物生长。这些添加剂通常被认为是抗生素的替代品，通过以下可能途径维持肠道健康：改变肠道pH值、保护肠粘膜粘液蛋白、选择性抑制有害菌促进有益菌、增强短链脂肪酸的发酵能力、增强营养吸收、增强体液免疫应答等（Ferket，2003）。
为了满足抗生素添加剂替代产品的需求，研究发工作重点集中在高效替代这方面，市场已经出现了很多提高动物生产性能的产品。尽管关于抗生素替代的科学报告不断增加，很多宣称的效果与实际生产过程的效果中并不一致。寻找单一的方案或产品替代抗生素，目前来讲不如复合方案替代抗生素的效果好（Collette，2004）。
在家禽中当某种添加剂要被替代的时候会出现很多的促生长替代方案，然而替代策略或者方案必须取得相当的经济效益和生产效率，否则很难被商业生产所接受。促生长抗生素（AGP）：在饲料中使用抗生素对动物生产来说有一系列好处，比如提高动物生产性能、保持动物健康。Rosen的一篇综述对超过12000个研究进行分析，得出结论抗生素可以改善生长和料肉比72%（Rosen，1995）。
AGP的使用不仅仅是改善生产性能，他们可以调节肠道微生物菌群、降低微生物代谢、减少细菌发酵、降低肠壁的厚度，这些都会使健康水平提高，增加动物可利用的营养物质、最终提高动物的生产性能（Carlsonand Fangman 2000）。然而公众对养禽业中大量使用抗生素非常关注，动物和人类治疗性使用抗生素时细菌产生耐药性的风险很低。
也有很多兽医辩护称人类细菌耐药性与饲料中使用促生长抗生素没有有关系（Cummings2004；Schaffer 2004）。除此之外禁止使用人类并不使用的AGP后，用于人类感染的抗生素大量用于动物养殖，这导致了人类病原对抗生素耐药性显著增加，比如鼠伤寒沙门氏菌、大肠杆菌、空肠弯曲杆菌（DANMAP，2011）。现在对于禁用AGP后是否能带来细菌耐药性减少有诸多的疑问。
一项研究表明即使不再使用任何抗生素，很多耐药细菌仍然可以在猪群中存活数十年。
益生菌
益生菌（直接饲喂的微生物）的定义是“能为宿主肠道健康提供有益帮助的活性微生物饲料添加剂”（Fuller，1989）。乳酸杆菌和双歧杆菌已经在人类长期大量使用，然而杆菌、肠球菌、酵母菌也是家畜最常用的微生物（Salminen et al.，1998）。丁酸梭菌，能产生丁酸，形成孢子，是典型的厌氧菌，常见于土壤、健康动物和人的肠道（Yanget al., 2009），是一种非常特殊的益生菌。他能在低pH值环境和胆盐环境中存活，并且产生内芽孢。丁酸梭菌的特性让他很适合作为饲料添加的益生菌（Sato et al.，1996；Kong et al.，2011）。
几位研究人员已经证明丁酸梭菌具有促进动物生长（Mountzouriset al., 2010）、提高免疫力（Chen et al., 1993; Murayama et al.，1995; Zhangetal.，2009；Cao et al.，2012；Yang etal.，2012），和保持肠道菌群平衡（Seki et al.，2003；Takahashi et al., 2004; Imaseet al.，2008；Li etal.，2009；Zhang et al.，2009；Kong et al.，2011）.的作用。这些共生菌通过以下五种可能的机制竞争排除（Nurmi and Rantala, 1973）有害微生物：1）发酵产酸降低肠道pH值；2）竞争粘附表位和营养物质；3）产生细菌素；4）通过细胞壁成分激活肠道免疫系统（Nousiainen andSetala，1998）；5）增加短链脂肪酸产量，这些物质具有杀灭或抑制细菌生长的作用（Fuller，1977）并且可以激活肠上皮淋巴细胞和自然杀伤细胞（Ishizukaand Tanaka，2002；Ishizuka et al.，2004）。建明的枯草芽孢杆菌PB6是非常优秀的控制梭菌的益生菌。
益生菌相对于其他肠道菌群调节剂而言有他的缺陷（Fooks etal.，1999；Isolauri et al.，2004）。由于对细菌培养、应用和保存知识的掌握不足，只有很少的细菌种类可以作为益生菌使用。益生菌的储藏周期较短，大多在高温和高压条件下不稳定。有些益生菌不能耐受胃的低pH环境，因此进入后肠道后不能对有害菌起到应有的抑制作用。如果益生菌添加到水中，水中的氯可能对其存活有大的影响。当饮水添加益生菌时酸化剂相对于氯来说更适合用于饮水消毒。包被技术对这些问题是有帮助的，但是还需要更多的研究来证明有效性。
中草药、香料和精油
中草药、香料和精油已经在人类食品中应用了几个世纪，他们可以使食物更加可口，很多都是对人类有益的。精油是芳香物质和挥发性物质的混合物，是根据他们中提取的芳香物质特点来命名的（Oyen and Dung，1999）。
很早以前人类就已经认识到了植物精油的抗菌活性（Leeet al.，2004a），如建明至多兴作为潜在的抗生素替代物，他们受到广泛关注。Lee 和 Ahn（1998）发现肉桂油中的肉桂醛在体外能很好的抑制产气荚膜梭菌和脆弱杆菌，对从人分离的长双歧杆菌和嗜酸乳酸杆菌中度抑制。很多关于肉桂醛、百里香酚、牛至油的抑菌试验结果已经发表（Deans andRitchie, 1987; Lee et al., 2004a），对植物精油抗菌的机制知之甚少的原因可能是因为他们是脂质，和他们的化学结构的缘故。
Helander等研究了两种同分异构的酚（香芹酚和百里香酚，苯丙素和肉桂醛）在大肠杆菌O157和伤寒沙门氏菌中是怎样发挥他们抗菌作用的。香芹酚和百里香酚都能破坏细菌细胞膜的完整性，导致细胞膜内相关蛋白被释放到外环境到中。不同的是，肉桂醛是通过进入细胞内部破坏细菌酶系统而发挥作用。
因此这些植物提取物的抗菌机理与真菌中提取的抗生素抗菌机理是相似的。同抗生素一样，连续使用这些植物抗菌物质同样可能使病原产生抗性（Lee et al., 2004a），然而这需要更多的科学试验来加以证明。为了达到和抗生素一样的效果这些植物抗菌提取物的添加浓度将更高，这样就会增加使用成本。
