第一，在气候条件适宜时发酵处理。生猪粪是不能直接施到农田的，必须进行发酵处理。第二，在土壤和气候条件都适宜时进行施肥。
二、储存的方式
1、户外储粪罐
通常是水泥结构或是内衬玻璃的钢板结构；粪便可用泵抽吸入罐或者靠重力流入罐内；在储存过程中需要进行定期搅动；可将罐盖上，以防臭气四散。
2、土质储粪池(堤坝式池塘)
这种方式明显的优势是建造成本低于储粪罐，但是为了防止储粪过程中污染水源和土壤，需要调查土层情况并建造密封层，一种方式是在土质储粪池内衬水泥。现在国内用得比较多的是土质储粪池覆膜。安全膜和底膜防止雨水的渗漏，上面浮动膜的目的是防止雨水或天然降水降到储粪池，加大粪水的容积。整个粪水在底膜和浮动膜之间。这种方式是粪肥熟化、存储的首选。其原因是土建费用低、设备投资低、管理要求低。
图1 土质储粪池覆膜
固液分离可以从粪浆中分离5%~10%的固形物出来，固液分离可减轻污水后期处理负荷。但是任何问题都有两面性，如果用之生产沼气等会影响后期厌氧发酵时的产气量。另外，固液分离使得粪水处理环节增加。所以是否进行固液分离，是储存前分离还是储存后分离，与后续处理工艺有关系。
如果是做还田处理、种养结合，我建议不用分离，可以直接进行发酵。即使进行沼气生产，后面同样面临沼渣和沼液的处理和利用问题，所以一次直接进行粪浆的储存和发酵，然后配备相应的器具，比如运输的、施用的车辆和工具直接还田，这样才能实现简单和经济地利用。
