毋庸置疑，饲用酶制剂是饲料行业最有发展的添加剂之一，作为一类有生物学活性的生物技术产品，天然、绿色、安全、高效是其本身的特性，决定了其广泛的使用前景。但是，目前饲料酶制剂开发仍存在许多问题，在畜禽日粮中应用还存在许多争议，不少产品还达不到饲料添加剂的要求，产品设计存在盲目性。
存在的主要问题有 ：
①现有工业酶制剂的测定方法不能完全适用于饲用酶制剂，不同的企业有不同的测酶标准，在养殖业中很难确定一个统一的测定酶活性的方法，导致酶的特性难以确定，对酶的使用达不到最佳效果。
②饲料酶制剂大多是微生物制剂，对温度、湿度、酸、碱等敏感，处理不当易失活，而对其进行稳定化处理的研究还不够，导致饲用效果不稳定。
③酶制剂应用的稳定性在现阶段的研究报道很多，但添加水平和结论并不一致。对于不同活性的产品、不同动物种类、不同生理阶段以及不同饲料品种的适宜添加量并不明确，因此，在实际应用中往往因用量不当而影响应用效果。
④我国大多采用固体发酵，由于目前固体发酵饲料用酶制剂生产工艺存在着一些无法克服的缺陷，造成产品质量不如液体发酵稳定，在生产中有时会带入杂菌，给应用带来一定的不利影响。
综上所述，饲料酶制剂要广泛、经济、高效的应用于饲料工业应具备一定条件。
酶制剂在饲料中的应用效果受诸多因素的影响，尤其是受饲料加工过程中高温、高湿的影响最大。应制定适合饲用酶制剂检测方法的标准，规范饲用酶制剂生物学评价试验方法。
在酶制剂的使用方面，要针对不同的饲料和对象，使用不同的酶制剂。改善饲用酶制剂应用效果可通过以下途径：
①优化酶制剂配方设计，除植酸酶以外，几乎所有的饲用酶制剂都是复合酶制剂。因此，在设计配方时需针对不同的日粮类型、动物种类和生理阶段来设计酶制剂中各种单酶及其活力，同时需考虑酶制剂的合理添加量。
②筛选优良菌种，目前许多研究主要集中于耐高温菌种的筛选，其实还可以从菌种种类入手。据报道，细菌类酶制剂作用效果好于真菌类；内切酶应用效果优于外切酶。
③优化加工工艺，目前这方面大量研究主要集中在酶制剂包被处理方面，包被型酶制剂固然可以保护酶制剂免遭制粒时高温的影响，但是当温度达到90℃后，包被型酶制剂也无法耐受，而且包被型酶制剂在动物体内的生物利用率下降，影响其使用效果。目前，动物营养学家把目光转移到液体酶制剂的后喷涂技术上，其必将在未来发挥巨大的作用。
如果能够很好地解决酶制剂的应用问题将对饲料工业的发展产生巨大的促进作用，从而使得酶制剂有可能替代抗生素等抗菌药物的使用，提高畜禽的生产性能和健康水平，而且无毒、无害、无残留，并能显著地减少畜禽粪便中氮、磷的排泄和对环境的污染，使其成为一种名副其实的安全、有效、不污染环境的绿色饲料添加剂。
