微生态制剂作为一种可直接饲喂动物的添加剂，在提高机体免疫力、预防疾病、提高生产性能和改善养殖环境方面的作用得到越来越多畜牧从业者的认可。目前，饲料企业和规模化养殖企业对微生态制剂的使用越来越普遍，其使用效果也得到充分肯定，比如大北农、六和等大型饲料企业都建立了专门的微生态生产企业来为自己提供微生态产品。
不过，由于微生态制剂产品本身的不稳定性，加之国内尚没有一个统一的质量标准，导致了微生态制剂市场不规范的现状，在畜牧行业内造成一些负面影响，甚至形成了一些错误的观念。
很多人总是将微生态制剂与抗生素进行比较，认为其效果不如抗生素，没有使用价值。实际上，微生态制剂产品的主要作用是预防作用，治疗效果不如抗生素疗效迅速，但是长期使用微生态制剂有利于动物的长期健康，也有利于动物生活环境的改善。
近年来的研究发现，一些微生态制剂产品，复合菌株较单一菌株效果好，因此造成一些养殖者认为微生态制剂产品中所含的菌株种类越多越好。其实微生物与微生物之间存在着相对复杂的作用，如拮抗、互生、中立、栖生、助生、偏生、寄生和吞噬等，微生物种类增多，如果微生物之间相互制约占主导反而削弱了其作用。
一些行业人员宣称产品含菌量越高越好，而不管添加量和使用效果。即便是同样的添加量，有些消费者也会觉得5亿个/g含菌量的微生态制剂不如100亿个/g含菌量的微生态制剂划算。其实，微生态制剂特别是能在道定植的乳酸菌，其繁殖速度很快，很少的量就能起到效果，关键是要有足够的活菌，能够在肠道中取得优势地位。
