宠物食品的消费升级带来机遇的同时，也意味着宠物食品电商将要面对新的挑战。
挑战一
用户对品牌的忠诚度低在利于新晋企业崛起的同时，也会增加新晋企业培养用户群体的难度，如果缺乏品牌影响力，当宠物食品行业不断壮大，这些公司却无法受益。
因此，想要从混沌之中一跃龙门，国内宠物食品电商依然需要打造自己的品牌，并提升品牌影响力，来维系与用户之间的深度联系。新晋宠物食品电商品牌阿飞与巴弟，便选择了从表情包这一可迅速传播的形式切入市场，通过打造IP来塑造自身的品牌影响力，此方式刚好顺应了当下的潮流，也符合消费升级下的新需求。
挑战二
国外宠物食品巨头企业如玛氏旗下拥有宝路、维嘉等众多品牌，纵使在品牌忠诚度低的情况下通过全方位布局也依然能获得较大市场。
与此同时，过去主外销的传统宠物食品品牌在国内宠物行业进入快速成长期后也将目光转回了国内，比如路斯股份已经开始线上线下全面布局，线下以入驻北京、上海等一线城市的商超渠道，线上则通过与京东等大型电商合作推广产品。这些企业拥有成熟的宠物食品运营模式，更容易获得市场，未来宠物食品行业的竞争必然十分激烈，如何提升优势才能成为一骑绝尘的黑马，是各品牌不得不思考的问题。
挑战三
消费者对宠物食品的质量、安全、营养要求高也意味着对企业的制作工艺要求严格，国内宠物食品电商以及零售品牌必须在提高自主研发能力的同时，提高食品生产的技术、安全、卫生以及环保标准。
挑战四
由于国内大众群体的宠物食品消费习惯还不成熟，在推广产品的同时，企业也不得不投入高额成本对用户进行消费行为培养。此成本无疑会给小企业带来过重负担，如何权衡利弊也值得商榷。
综合来看，虽然国内宠物食品企业起步晚，食品电商发展也不成熟，尚无独角兽平台。但随着养宠队伍人数的快速增长、科学喂养方式的普及、以及养宠观念和宠物消费观念的改变，国内宠物电商将迎来崛起契机，但若想从国外宠物食品企业巨头手中夺取用户芳心，除了从零食、营养品、鲜食等垂直领域切入打造差异化优势之外，最重要的还是保证宠物食品的安全、营养、健康。
