国家禽流感参考实验室从2008年开始每年进行大量的禽流感流行病学调查工作，主要是在活禽交易市场、屠宰场和养殖场等采集鸡、鸭和鹅等各种禽类喉头与泄殖腔棉拭子以及血清样品。
2013年从24个省份采集了30109份病原学检测样品和12877份血清学检测样品。监测结果表明，我国存在的禽流感病毒亚型较多，分到的禽流感病毒有H5、H9、H7、H6、H3、H4、H10、H11、H1、H2、H8等多种亚型。其中，几乎所有的H5亚型和H7亚型禽流感病毒均分自活禽交易市场或屠宰场；从禽品种来看，水禽中存在的禽流感病毒亚型更为复杂。除禽流感病毒外，还从样品中检测出新城疫病毒900多株。
从抗体检测来看,总体上我国家禽免疫抗体水平较以前有所提高，免疫抗体良好，但市场家禽的平均HI抗体水平仍较低。鸡的免疫抗体远高于水禽的免疫抗体水平，但抗体高低差异较大，部分禽尤其是肉鸡检测不到抗体。水禽的免疫抗体也存在较大的差异，有的群体平均HI抗体可在8log2以上，而有的抗体为0，说明水禽免疫当前的禽流感疫苗可以达到较高的水平，但我们也同时看到水离禽流感疫苗的免疫覆盖率还是比较低的。从禽品种来看，肉鸡和肉鸭绝大部分均未进行免疫。通过对我国分离到的H5亚型禽流感病毒进行HA基因序列分析，可以看出我国H5亚型禽流感病毒主要以抗原群2.3.2分支（Clade2.3.2）为主，该分支的病毒在我国南方和北方均有存在，但在南方分离的数量较多。本年度在我国北方地区多个省份分离到7.2分支（Clade7.2）病毒，该分支病毒已经成为危害我国北方养禽业的主要疾病，从抗原性分析来看，新分离到的病毒抗原性与疫苗株存在一定的差异。此外，我们还从几个省份分离到少量的2.3.4分支的H5亚型禽流感病毒。
