种鸡蛋一般来自种鸡场，种鸡场的最终目的是生产出更多的合格种蛋，只有合格的种鸡蛋才能有效提升孵化率。因此，在种鸡场产蛋鸡舍要进行特殊管理。
首先产蛋箱要垫料，推荐使用软木刨花或稻壳，并保持干燥清洁。在种蛋收集的时候，开产时经常巡视鸡群，正常情况下每天至少捡蛋 4 次，产蛋率高时增加捡蛋次数。产蛋箱里的种蛋和地面脏蛋分开捡，分开装，捡完脏蛋必须洗手消毒。一般早晨第一遍蛋较多，要求捡蛋速度怏。禁止入孵蛋窝里的脏蛋和地面蛋。有的种鸡场把脏蛋擦净后当种蛋用，这是不正确的。另外，要加强种蛋质量的量化管理，通过指标监督生产和预见鸡场管理中出现的问题，增加产品数量，保证产品质量。
种鸡蛋走出种鸡场，就要合理保存了。种蛋在被收集并经过清点、消毒等处理后，应及时放入专用蛋库内贮存，并注意合适的环境温度，环境湿度。
