进入90年代，场乡体制弊端日益凸显：“企业养政府、企业办社会”负担日益沉重，乡镇企业发展水平良莠不齐，集体经济权益得不到体现，农村各利益主体产权矛盾、利益冲突日益增多。给企业松绑的改革呼声越来越高。
“减负”、“瘦身”，让企业成为企业！
1998年，北京市委市政府进行了“政企分离和两种所有制分离”的场乡体制改革，将行政管理职能和农村集体经济部分从北京农垦中剥离，只保留了市政府授权经营国有资产的国企。
“瘦身”成功的北京农垦，又焕发出了新的生机和活力。
“强身健体”，不走寻常路！
当2002年，北京农垦成为真正意义上的企业主体时，“小而全、杂而散”、“三百六十行，行行农工商”行不通了！新一轮改革攻坚战打响！
总部庞大机构精简至不足百人，集团总部职能定位更加明晰。产业收缩战线，果断放弃小而散的辅业，突出三大主导产业：
1、种禽种畜为核心的现代农业
2、以乳业为代表的食品加工业
3、与之相配套的物产物流业
自此，只围绕主业跨地域跨部门的重组整合。
“匠人精神”专注乳业，不到一年时间，三元集团精心打造了一批具有市场竞争力的骨干专业公司：三元食品、三元种业、三元绿荷奶牛养殖中心、奶牛中心、养猪育种中心等，二级企业大量减少，产业结构更清晰。
2008年的三聚氰胺事件，让辉煌一时的三鹿集团轰然倒下。2009年，经受住食品安全考验的“三元”成功收购原三鹿核心资产。新品上市仅个把月就已销往全国13省。实力和信誉赢得了首都各界及全国消费者的尊重和信任。
2009年，首农梦想起航，新任务新压力——服务首都的光荣使命整合资源打造现代农业航母
2009年4月，以北京三元集团有限责任公司为主体，吸收重组北京华都集团有限责任公司和北京市大发畜产公司，成立北京首都农业集团有限公司。5月16日正式挂牌。
成立后，围绕“现代农牧业、食品加工业、物产物流业”三大主营业务，一、二、三产融合发展，十几个重大项目落子京津冀及周边地区。
2011年，三元食品大兴瀛海工业园投用，集牛奶加工、配送和研发为一体的新型低碳工业园区，总投资达7.48亿元,应用国际最新加工技术，使三元牛奶品质、口感、营养锦上添花，进一步占领高端市场。
河北定州现代循环农业科技示范园区项目、河北武强华都肉鸡项目启动、河北滦平肉鸡项目、山东寿光、河南新乡奶牛示范基地等现代农牧业项目，均为产业前端、辐射带动性强，体现了首都农业“高端、高效、高辐射”的特点。
作为支撑产业，首农物产物流业如火如荼。2009年底，东郊物美新物流中心项目投入运营。北郊龙冠中心、西郊蓝海中心等商业地产项目完美收官。瞄准高精尖产业项目，北京塞隆国际文化创意园、双桥E9区产业园、首农中科电商谷等一批高端产业园区，推进农场转型升级，形成产业优良、环境优美、生活优越的都市型现代农场。
塞隆文创园
首农集团利用自有土地，参与城市开建保障房面积已超300万平米。
稳健扩张——首农集团做“走出去”先行者、排头兵
“京津冀一体化”前，首农集团就已开始实施走出去战略。截至2014年，首农已经累计投资超80亿，在河北大部分地级市都有合作工厂和基地。
河北新乐工业园区：“母爱”呵护宝宝“舌尖”
作为落实非首都功能疏解任务，推进京津冀协同发展国家战略，走出去的首个落地项目，三元河北工业园2014年开建，占地600亩，总投资18亿。该项目可年产婴幼儿配方乳粉4万吨、液态奶25万吨。三元奶粉不断打造核心竞争力，连续七次蝉联国产婴幼儿配方奶粉口碑第一名。
首农定州牧场全国最大现代化奶牛牧场，名符其实的“奶罐子”
此外，首农还布局建设河北宣化的北京黑猪养殖基地，天津港的首农食品进出口贸易园区。
有房山区那么大面积的双河农场，是北京的飞地和宝地。
2012年5月27日，位于黑龙江的双河农场交由首农集团经营管理。近年来双河农场已是北京重要的商品粮应急供应保障基地，绿色、安全、有机农产品生产与特供基地，现代农业示范基地，成为保障首都农副产品供应和食品安全的重要力量。
双河农场总土地面积约57万亩，耕地近40万亩，约占北京总耕地面积的11.5%
为保证农产品稳定供应，与多地签订合作协议，按照首农标准建蔬菜种植基地。目前，首农集团在北京周边省市区建设了100个蔬菜标准化示范园区，以及总面积达20万亩的安全农产品生产基地。
为了进一步推进京津冀协同发展国家战略，首农将加大在津冀地区的农产品物流建设，形成环京津冀物流配送圈。我们以后买水果更便宜啦！
而且，首家首农生鲜已经在中关村开业了！来看看
国企良心——不等不靠，主动承担疏解任务 市委书记点赞！
2016年，首农集团积极响应北京市疏解非首都功能要求，累计拆除腾退71万平米的老旧厂房、违章建筑，疏解商户2566户、外来人口4.86万人，对一批小型服装加工厂、小公寓等低端业态、流动人口聚集场所进行了疏解整治和提升。双桥农场在参与萧太后河治理中，获时任市委书记郭金龙点赞。
时间步入2017年——“三驾马车”继续驰骋“首农梦”！
首农集团积极推进“千亿首农、美丽首农、法治首农”三位一体战略布局，“三驾马车”助力集团驶入发展快车道。
