云南生物制药有限公司的前身为1958年建厂的云南省兽医生物药品厂，当时为云南省畜牧局下属的自收自支事业单位，也是农业部定点生产兽用生物制品的二十八家厂家之一。
到2001年已发展成兽药和人药产销一体的综合性制药企业，企业进行改制，从事业性质改为国有企业，人药、兽药进行分离。
2004年企业进一步改制，从国有企业改为民营企业，成立云南生物制药有限公司，为深圳市金沙江投资有限公司的全资企业，专业生产兽用生物制品、兽用治疗药品，成为综合性兽药生产企业。
2005年12月兽用生物制品、兽用治疗药品全线通过兽药GMP现场验收。
2011年4月公司增资扩股，注册资本6000万元，股权构成为原云南生物制药有限公司的股东深圳市金沙江投资有限公司、广东永顺生物制药有限公司及自然人股东。对公司生产基地进行搬迁，产品重新定位，市场销售进行新的规划。在昆明市高新区马金铺生物医药产业园区购买了84亩土地用于新公司的改扩建。2013年3月开工，2014年10月完成建设。
2014年10月公司的兽用治疗药品业务由云南泊尔恒国际生物制药有限公司全盘接收，完成了资产及人员的移交，GMP证书、生产许可证及59个生产文号的变更。
2015年1月，浙江海正药业收购云南生物制药有限公司自然人股东40%股权及深圳市金沙江投资有限公司28%股权，为占有68%股份的大股东。标志着浙江海正药业跨入中国兽用疫苗企业行列，翻开了云南生物制药有限公司生命历程中新的一页。
2015年2月公司疫苗生产线通过农业部兽药GMP现场验收，通过5条活疫苗生产线：一条胚毒活疫苗生产线、一条细菌活疫苗生产线、三条细胞毒活疫苗生产线。